Seuls les établissements ayant acquis l'autonomie (loi LRU n°2007-1199 du 10 août 2007, dite loi Pécresse) peuvent prétendre conventionner directement avec le FIPHFP. 
Les autres établissements publics bénéficient de la convention passée entre leurs ministères de tutelle et le FIPHFP. Les ministères ont un représentant auprès du FIPHFP qui peut-être sollicité en cas de besoin.

L'article 36 de la loi du 11 février 2005 a créé, à compter du 1 janvier 2006, le Fonds pour l'insertion des personnes handicapées dans la fonction publique (FIPHFP). Les recettes du Fonds sont constituées par la collecte d'une contribution annuelle auprès des employeurs publics ne respectant pas l'obligation d'emploi. Cette collecte est effectuée sur la base d'une déclaration annuelle. En contrepartie, les contributions ainsi collectées sont mises à disposition des employeurs publics souhaitant obtenir un soutien financier, voire un financement total d'une action relative à l'insertion professionnelle d'un ou plusieurs travailleurs handicapés qu'il emploie.

Chaque début d'année, tous les établissements publics et privés assujettis à l'obligation d'emploi doivent donc effectuer une déclaration d'emploi. Cette démarche administrative permet aux établissements de déclarer toutes les actions mises en œuvre sur la  thématique du handicap (indiquées ci-dessus) et les dépenses associées.

Consulter le décret n° 2006-135 du 9 février 2006 relatif à la déclaration annuelle obligatoire d'emploi.